Promoval za magistra farmácie v roku 1915 na Univerzite Karlovej v Praha a stal sa asistentom Ústavu pre farmakológiu a farmakognóziu na jej Lekárskej fakulte.

O tri roky sa stal magister farmácie Eduard Skarnitzl vedúci Ústavu pre skúmanie liečiv v Prahe, ktorý vznikol z časti tohto ústavu. Tento ústav posudzoval vzorky liečiv a liekov z lekární a liečivých prípravkov z farmaceutických firiem. PhMr. Skarnitzl tu založil vedeckú školu na analýzu a kontrolu drog z botanických zdrojov.
V roku 1924 v ňom vydal už PhDr. Skarnitzl príručku: Několik směrnic pěstitelům léčivých rostlin, ktorá sa stala základnou pre odborné pestovanie liečivých rastlín pre farmaceutický priemysel. Príručka bola veľmi pozitívne praxou prijatá.
Za docenta sa habilitoval v roku 1928. V roku 1932 vyšla jeho vysokoškolská učebnica: Přednášky farmakognosie a v roku 1933 bol menovaný mimoriadnym profesorom farmakognózie.
V roku 1937 vydal Skarnitzl: Příruční slovník lékařsko-lékárnických názvů, ktorá vniesla poriadok do terminológie týchto základných odvetví zdravotníctva. Počas okupácie vypracoval novú koncepciu kontroly liečiv, ktorú po vojne presadil do praxe.
V roku 1942 sa stal tento Ústav súčasťou Zdravotného ústavu, a po vojne do roku 1952 súčasť Štátneho zdravotného ústavu, ako jeho IV. odbor.
Vysokoškolskú učebnicu: Rostlinná anatomie vydal v roku 1946.
V roku 1948 sa stal riadnym profesorom farmakognózie na Univezite Karlovej v Prahe.
Inicioval vznik Štátneho ústavu pre kontrolu liečiv v Prahe a v rokoch 1952 - 1959 bol jeho riaditeľom.
Vytvoril jeho modernú koncepciu a podieľal sa na presadzovaní moderných analytických a fyzikálno-chemických metód do jeho práce.

V rokoch 1953 - 1970 bol predseda Československej liekopisnej komisie, ktorá bola zodpovedná za vydávanie základnych normatívnych požiadaviek na liečivá a lieky.
Jeho veľkou záľubou boli dejiny farmácie, z ktorej spracoval a publikoval niekoľko vedeckých prác.
Podieľal sa na založení viedol Farmaceutickú sekciu Československej spoločnosti pre dejiny vied a techniky a bol členom Medzinárodnej akadémie dejín farmácie.

Prof. PhDr. PhMr. Eduard Skarnitzl (1894 - 1970) už počas svojho života bol považovaný za tvorcu našej farmakognózie ako samostatnej vednej farmaceutickej disciplíny.

Česká farmaceutická spoločnosť udeľuje za významnú vedeckú, pedagogickú a organizátorskú činnosť vo farmácii MEDAILU Prof. PhDr. PhMr. Eduarda Skarnitzla, ktorou oceňuje významných pracovníkov vo farmaceutických vedách.

Dr. h. c. prof. RNDr. J. Čižmárik, PhD.